现在下淡水溪西岸,二军在经一个礼拜的沿河对峙之后,吴一桂部再败五营联军军于小赤山,欲取道万丹,直取滥滥庄,七月二十二日,吴一桂部再度发动攻击,惟客庄七营已于万丹完成集结,吴一桂部遭夹攻后大败溃逃,在这之间,李其被日军抓到,斩首示眾,吴一桂则是带着残部从浊水溪渡河下逃,从攻击至兵败,前后歷时仅二个月。
七月二十五日,郑君英率日军抵鹿耳门,令先锋林召亮、董遏芳以六艘船直进,炮轰砲台,大胜之后渡鯤身,七月二十七日,吴部将苏天威退守安平,与城守郑定瑞是迎拒易依廷珍,遂不敌,逢涨潮而直入安平港,七月三十日,施世驃军入安平港与颂德宗延平王马毅科会合,联合易依廷珍共两万名将士出兵讨逆。
八月二日日军攻下府城,吴一桂亦向北退走,先退大穆降,再走湾里溪、下茄苳,最后于八月五日仅馀千馀人进入沟尾庄,漳州人王和仁密谋杨东旭、杨西雄,联合六庄乡丁设计擒吴一桂等解赴日军,台颂永和政权至此正式结束。
日军自抵鹿耳门至击溃吴一桂,约仅二个月,而吴一桂自称帝至沟尾庄被擒,为时亦尚不到一年,因此民间遂有歌谣传唱:「头戴颂朝帽,身穿日朝衣;六月称永和,八月还煌羽」。
八月十日,郑君英将吴一桂与其家属押往北京,煌下旨朱雀门献俘,将起事的叛将吴一桂、吴齐林、吴聪儿、吴之清、吴学明、杨来蟆、张子京、戴穆宗、萧德基、曾福寿、洪正义、王海生、郭很正等人就地正法,其家属十六岁男丁全数发配寧古塔,女眷全数没为官奴,接着于武英殿设宴,犒赏此次平乱的三军将士,主将郑君英、范仲武、包有道、韩非良四人官升一等镇国公,武英殿大学士并赏赐双眼花翎,四人感恩叩谢皇恩,而此次农民大规模起义的事件被后来的史官记载为「乙丑事变」。